مرکز تحقيقات دانشگاه امام صادق عليه السلام در سال 1370 با هدف مديريت فعاليت‌هاي پژوهشي در سطح دانشگاه و تقويت آن همزمان با رشد فعاليت‌هاي آموزشي تشکيل گرديد. به همين خاطر دفاتر مطالعاتي مشابه دانشکده‌هاي مختلف در مرکز تأسيس و فعاليت مرکز با استفاده از توان علمي - پژوهشي داخل دانشگاه آغاز گرديد.

تعيين سازمان کلي مرکز، تجربه نمودن گونه‌هاي مختلفي از فعاليت پژوهشي متناسب با اهداف و شرايط دانشگاه، تعريف فعاليت‌هاي مهمي چون انتشار فصلنامه پژوهشي، فصلنامه انديشه صادق، برگزاري نشست‌ها و سخنراني‌هاي علمي، انجام پروژه‌هاي تخصصي در زمينه‌هاي بين رشته‌اي، از جمله دستاوردهاي اين دوره مي‌باشد. متعاقب طرح و تقويت فعاليت‌هاي پژوهشي در دانشگاه و اقبال دانشکده‌ها به حوزه‌هاي تخصصي‌شان، شرح مأموريت و روش‌هاي فعاليت مرکز تحقيقات مورد بازنگري قرار گرفته و دوره فترتي آغاز شد که براي حدود 3 سال به طول مي‌انجامد.

در سال 1383 دور جديد فعاليت مرکز تحقيقات به رياست آقاي دکتر اصغر افتخاري با تصويب برنامه سه ساله مرکز توسط رياست محترم دانشگاه و حمايت مؤثر معاونت پژوهشي وقت، با اهداف، سازمان و روش‌هاي منسجم و مشخص، آغاز مي‌شود. در تمام اين دوره‌ها، هزينه‌هاي تحقيقاتي مرکز تحقيقات توسط دانشگاه تأمين مي‌گشت.

 در مهرماه سال 1385 دوره جديد مديريت مرکز تحقيقات آغاز مي‌شود. اين دوره را مي‌توان سرآغاز تغييرات بنيادين در مرکز تحقيقات و حرکت به سمت تبديل شدن مرکز به پژوهشکده مطالعات ميان رشته‌اي اسلامي و مرجعيت علمي دانست. در اين دوره، مرکز تحقيقات در جهت ارتقاي هر چه بيشتر پژوهش و با نگاه کاربردي و حل معضلات کشور اقدام به برقراري ارتباط پژوهشي با سازمان‌ها، مراکز پژوهشي و تحقيقاتي نمود و از اين طريق حجم فعاليت‌هاي آن حدوداً 10 برابر شد. اين روند هم چنان ادامه دارد و مرکز تحقيقات دانشگاه با مراکزي همچون سازمان ملي جوانان، وزارت امور اقتصادي و دارايي، وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامي، سازمان اوقاف و امور خيريه، سازمان امور مالياتي، نهاد نمايندگي ولي‌فقيه در دانشگاه‌ها، بنياد شهيد، سازمان فرهنگي هنري شهرداري تهران (و برخي از مراکز تابعه مثل فرهنگسراي سلامت و فرهنگسراي خاتم)مركز مطالعات فرهنگي شهر تهران، سازمان بيمه، مرکز مطالعات جهاني شدن، سازمان فرهنگ و ارتباطات، مؤسسه مالي و اعتباري مهر، شوراي فرهنگ عمومي و... در ارتباط پژوهشي و تحقيقاتي است.